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CARD数据库简介及使用方法CARD数据库简介Comprehensive Antibiotic Resistance Database（CARD）数据库（https://card.mcmaster.ca/）是一个严厉整理的具有特征的同行评议的耐药决定因素和相关抗生素的集合，由抗生素耐药性本体论（ARO）和抗菌素耐药性基因检测模型组织。抗生素耐药性相关决定因素需满足在经同行评议的科学出版物中被清楚描述、DNA序列在GenBank中成功申请登录号（包括明确的实验证明最低抑制浓度（MIC）高于对照组等）条件，才允许录入CARD数据库。截至2025年1月21日，该数据库已扩展到8526个ARO条目、6442条参考序列、4542种SNP、3328出版物、6490个AMR检测模型，可对414种病原体、24291条染色体、2662个基因组岛、48212个质粒、172216个全基因组测序组装体和279120个等位基因进行抗性组的预测。CARD数据库由四种核心本体组成：抗生素抗性本体（Antibiotic Resistance Ontology, ARO）：用于全方面描述AMR，包括抗生素分子（antibiotic molecule, ARO:1000003）、耐药性修饰剂（resistance-modifying agents, ARO:0000076）、抗生素耐药机制（mechanism of antibiotic resistance, ARO:1000002）、抗生素抗性决定因素（determinant of antibiotic resistance, ARO:3000000）、抗生素靶位（antibiotic target, ARO:3000708）、抗生素合成（antibiotic biosynthesis, ARO:3000082）、AMR基因型或表型术语的组成（component of AMR genotypic or phenotypic terminology, ARO:3000045）等7个主要分支。CARD数据库中的任一抗性基因必须包括抗生素分子、抗生素耐药机制和抗生素抗性决定因素之间的本体联系。CARD模型本体（Model Ontology, MO）：在基因数据中定义生物信息参数来注释抗性基因。CARD关系本体（Relations Ontology, RO）：将本体内术语相关联。NCBI Taxon：用于跟踪抗性基因序列的源生物和分类分布。CARD数据库使用方法CARD BLAST简介及使用方法BLAST简介在CARD官网主页（https://card.mcmaster.ca/home）选择“Analyze”跳转抗性基因预测界面，CARD分子序列分析工具包括NCBI官方工具Basic Local Alignment Search Tool和基于同源性和SNP模型预测抗性组的抗性基因标识（RGI）软件。Basic Local Alignment Search Tool（BLAST）属于NCBI官方分子序列比对预测工具，通过比对查询序列和CARD数据库参考序列，执行相关序列的识别注释。BLAST仅执行相似性比对搜索，不对数据库突变信息执行二次筛选。蛋白质变异模型可以使用敏感的野生型序列作为SNP筛选参考，此类序列也将纳入BLAST数据库。查询序列数据文件要求必须是FASTA格式，且文件内容不大于5000字符。BLAST使用方法准备示例数据：即抗性基因编码的氨基酸（或蛋白）序列。关注“细猪技术”微信公众号，后台回复“args”获取示例数据XIZHUJISHU_ARGs.fa。BLAST序列比对预测：复制查询序列全部信息（序列名称&序列本身）至第一个输入框“Paste FASTA Query Sequence:”中，或在第二个输入框“Upload FASTA Query Sequence:”选择上载示例数据文件XIZHUJISHU_ARGs.fa，要求单次仅上载一条查询序列且上载文件格式为FASTA或FA。最后，选择适合查询序列数据类型的比对工具，选择“Submit”按钮执行分析。- BLAST比对结果解读BLAST相似性比对搜索完成，筛选出3条氨基酸序列，其中第一条比对序列的Bitscore值最高，达117！此外，第一条比对序列的E值最低且序列相似度最高，预测查询氨基酸序列属于vanZ gene in vanA cluster，系革兰氏阳性球菌对万古霉素的耐药性相关蛋白酶。选择比对表格“Alignment”列＞“View”按钮查看详尽的序列比对结果。选择“ARO tag”列＞“ARO:3002962”选项或“Name”列＞“vanZ gene in vanA cluster”选项，获取对应比对结果序列的详尽预测信息，包括本体术语、同义异名、数据库特有名称及定义、抗生素抗性基因族、抗生素药物类型、抗性机制、完美匹配抗性组和具有序列变体的抗性组等。此外，也允许查看抗性组序列比对的百分比数值和检测模型。CARD RGI简介及使用方法RGI简介RGI是CARD数据库团队开发的，可基于同源性和SNP的蛋白质或核苷酸数据预测抗性组模型，可通过官网平台、CMD命令行工具或Galaxy包装器执行分析。CARD官网门户在线平台支持基因组、组装基因组、宏基因组组装片段或蛋白质组的分析，CMD命令行工具也支持抗性基因起源病原体的宏基因组序列和k-mer预测分析。CARD官网门户在线平台要求上传格式必须为FASTA格式，RGI结果允许在线缓存7天，完整的RGI操作指引文档可在GitHub官网（https://github.com/zclaas/rgi）下载。RGI使用方法RGI允许输入多种格式的数据信息，包括但不限于GenBank Accession、GI编号以及FASTA格式序列等。在“Enter a GenBank accession(s)”输入框输入序列号，或者在“Upload FASTA sequences file(s)”输入框上载序列文件，在“Select Data Type:”选项选择对应的序列类型（核酸或蛋白质），在“Select Criteria:”选项选择算法标准，在“Nudge ≥95% identity Loose hits to Strict:”选项选择是否将Loose算法下匹配相似度≥95%归入Strict算法，在“Sequence Quality:”选项选择序列质量。RGI分析基因组和蛋白组序列基于完美（Perfect）、严厉（Strict）或宽容（Loose）算法，通常默认Perfect和Strict算法。Perfect算法：通常应用于临床检测，此算法可比对查询序列与数据库参考序列和达到完美匹配。Strict算法：一般用于检测已知抗性基因的未知变体，包括关键突变点的二次筛选和利用默认相似度（Similarity）临界值的检测模型，判断待测变体是功能抗性基因的概率。Loose算法：除了设置检测模型的临界值，还提供对紧迫的新威胁和抗性基因同系物的检测，且对可能对抗性基因无作用的同源序列和部分假性匹配进行编录。结合表型筛选，Loose算法使研究人员能够深入研究新型抗性基因。在“Upload FASTA sequences file(s)”输入框上载FASTA格式序列文件XIZHUJISHU_ARGs.fa，参数选项按下图设置，即“Select Data Type:”选项选择“Protein sequences”，“Select Criteria:”选项选择“Perfect, Strict and Loose hits”，“Nudge ≥95% identity Loose hits to Strict:”选项选择“Include nudge”，“Sequence Quality:”选项选择“High quality/coverage1”，最后选择“Submit”按钮提交工作。RGI首先使用Prodigal对开放阅读框（ORF）进行完整预测且分析待预测的蛋白序列。如果Prodigal误判了正确的抗性基因起始密码子，RGI会执行二次修正以确保预测完整。如果Prodigal不能预测抗性基因的ORF，RGI会产生假阴性结果。此外，短片段、小质粒、低质量组装体及组装的宏基因组序列使用针对低质量/覆盖度组装体和部分基因预测的Prodigal算法进行分析。如果上载FASTA格式的蛋白质序列文件，RGI会忽略ORF预测且直接使用蛋白质序列。RGI分析结果解读RGI分析工作结束，按上述参数要求比对匹配到1条参考序列，即预测抗性基因vanZ gene in vanA cluster。在下图行标题中，依次对应预测模型、抗生素抗性基因家族、药物类别、抗性机制、匹配区域可信度和参考序列长度等术语。在上述界面切换至“AMR Genes”标签页查看可视化结果，即不同算法预测的抗性基因数据。
人防检测相关软件可在以下平台下载
1. 易云人防下载平台：91手游网版本信息：安卓版v1.3.3更新时间：2025-04-25 23:09:04该软件为移动端应用，用户可通过91手游网搜索“易云人防”获取最新版本，需注意确认设备系统兼容性（安卓系统）
2. 理正人防下载平台：360游戏大厅软件库版本信息：电脑版正式版4.0软件大小：12.9MB更新时间：2024-05-28此软件为PC端工具，适用于Windows系统。用户需通过360游戏大厅的官方软件库下载，安装前建议检查系统版本是否满足要求（如Win7及以上）
3. 甬有人防下载平台：5577安卓网版本信息：安卓版v1.0.0更新时间：2025-05-29 19:24作为移动端应用，用户可在5577安卓网搜索“甬有人防”下载。需注意该版本为初始版本（v1.0.0），功能可能较基础，建议根据实际需求选择
4. 新点人防软件江苏版下载平台：下载之家支持系统：WinALL（全Windows系统）软件大小：116.52MB更新时间：2023-12-07该软件为江苏地区专用版本，适用于PC端。用户需通过下载之家官网获取安装包，安装前需确认磁盘空间是否充足（建议预留200MB以上），并检查系统是否为Windows XP及以上版本。注意事项平台安全性：优先选择官方或知名下载平台（如91手游网、360软件库），避免通过非正规渠道下载，以防恶意软件。版本匹配：根据设备类型（手机/电脑）和系统版本选择对应软件，例如安卓用户需下载APK文件，PC用户需确认WinALL兼容性。更新时间：优先选择更新时间较近的版本（如易云人防v1.3.3），以获取最新功能和安
